Auditeeriv asutus on funktsionaalselt sõltumatu üksus, mis võib vastavalt oma aasta tööplaanile auditeerida kõiki välisabi rakendussüsteemi tasandeid ning teavitab OLAF-it tuvastatud rikkumistest. Osakond ei osale välisabi rakendussüsteemi juhtimisprotsessis, maksete teostamise protsessis ja muudes ülesannetes, mis võib kahjustada audiitorite objektiivsust.
Auditeeriv asutus teostab peamiselt kahte sorti auditeid: juhtimis- ja kontrollisüsteemi (JKS) auditeid ning projektiauditeid. JKS audit on Euroopa Parlamendi ja Euroopa Nõukogu määruse nr 1303/2013 artikli 127 lõike 1 kohane kindlustandev töö, mille eesmärk on analüüsida ja hinnata auditeeritava (toetuse andmise ja kasutamisega seotud asutuste) JKS-i tõhusust.
Projektiauditi all mõistetakse üksikute struktuurifondidest toetatud projektide (sh programmide) väljamaksetaotluste auditeerimist. Projektiauditid viiakse läbi vastavalt EK poolt kinnitatud ja iga-aastaselt uuendatud auditi strateegiale ja auditeerimise aastaplaanile.
Rahandusministeeriumi kodulehelt leiad informatsiooni välisabi auditeerimise tööplaanide ja auditeerimise tulemusi kajastavate aastaaruannete kohta. Samuti on kättesaadavad kõik läbi viidud auditite lõpparuanded.