Ühtekuuluvuspoliitika rakenduskava seirekomisjon moodustatakse rahandusministri käskkirjaga, seirekomisjoni eest vastutab Rahandusministeeriumi riigieelarve osakond. Seirekomisjoni istungid toimuvad vähemalt üks kord aastas. Komisjoni ülesanded tulenevad õigusaktidest.