Setomaa programm on suunatud territoriaalselt ajaloolise Setomaa Eesti riigi territooriumil paiknevale osale - Setomaa vallale. Programmi eesmärk on hoida piirkonda elujõulisena Setomaa ettevõtluskeskkonna ja inimkapitali arendamise kaudu. 2016.-2019. aastal koordineeris programmi Maaeluministeerium, alates 2020. aastast koordineerib programmi Rahandusministeerium.