Eesti osalusega Euroopa territoriaalse koostöö (INTERREG) programme Eestis koordineerib ja juhib Regionaal- ja Põllumajandusministeerium. INTERREG programmid võimaldavad teha piiriülest, riikidevahelist koostööd ja piirkondadevahelist koostööd. INTERREG on Euroopa Liidu ühtekuuluvuspoliitika vahendiks, millega püütakse lahendada piiriüleseid probleeme ja arendada ühiselt eri territooriumide potentsiaali. RTKs asuvad Interreg Eesti-Läti ja Eesti Euroopa Liidu välispiiri programmi korraldusasutused ja sekretariaadid, Kesk-Läänemere programmi infopunkt ning INTERREG projektide Eesti partnerite finantskontroll.