Toetuste taotlemise, andmise ja kasutamise kontrollimise protsessi on kaasatud mitmed osapooled. Struktuuritoetuste puhul saab kõik alguse konkreetsest õiguslikust raamistikust, mille töötab välja Euroopa Komisjon. Siseriikliku süsteemi ülesehitamise delegeerib Euroopa Komisjon liikmesriigi korraldusasutusele. Eestis täidab seda rolli Riigi Tugiteenuste Keskus.